3. sez., 4. ep. - 28. rujna

Nakon što je u svrhu zadatka zauvijek izgubio ženu i sina, Michaelova (Roy Dupuis) učinkovitost počinje ozbiljno padati. Nikita (Peta Wilson) pokušava povratiti Michaelovu želju za životom i zaštiti ga od novog neprijatelja Odjela. Za to vrijeme Operativni (Eugene Robert Glazer) i Madeline (Alberta Watson) prepiru se oko toga kako postupiti s osjetljivim Michaelom. Birkoff (Matthew Fergusonse) obraća Walteru (Don Francks) u vezi dosjea koji je pronašao, a koji sadrži dokaze koji inkriminiraju Operativnoga.

3. sez., 5. ep. - 29. rujna

Odjel uništava genetski laboratorij napravljen kako bi stvarao savršene male teroriste. Nikita (Peta Wilson) sumnja kako Odjel ima i vlastite slične laboratorije, no svoje sumnje ne uspijeva potvrditi Michaelu (Roy Dupuis). Operativni Felixa stavlja u privremenu neaktivnost, te ga šalje u samoubilačku misiju, koju on uspijeva preživjeti. Birkoff (Matthew Ferguson) se boji Felixove osvete.