3.sez., 24..ep., 4.sez., 1.ep., 9. lipanj

Tim NCIS-a istražuje terorističku skupinu bez Gibbsa (Mark Harmon), koji se još oporavlja od eksplozije. Gibbs se mora boriti s gubitkom pamćenja dok mu u posjet dolaze mentor i bivši šef. Njegova pomoć je nužna, pogotovo kad tim otkrije da je Gibbs jedina osoba koja ima informacije o planovima terorista, pa mora povratiti pamćenje prije nego teroristi napadnu.
Kad Ziva (Cote de Pablo) slučajno posvjedoči političkom atentatu, morala bi se predati FBI-u i trpjeti posljedice, bez pomoći Gibbsa (Mark Harmon), koji sad uživa u mirovini. Ziva dozna da je FBI traži i bježi, dok tim NCIS-a, koji vodi Tony (Michael Weatherly), mora dokazati da je Ziva nedužna. Ipak, situacija postaje zamršenija i Ziva moli za pomoć jedinu osobu koja joj je uvijek vjerovala, Gibbsa.

4.sez., 2.-3.ep., 10. lipanj

Gibbs (Mark Harmon) je prisiljen vratiti se iz mirovine kako bi pomogao Fornellu, kojemu prijeti osuđenik pobjegao iz zatvora. Osuđenik prijeti Fornellu i njegovoj kćeri Emily. Gibbs i tim NCIS-a ponovno otvaraju stari slučaj pljačke i ispituju umirovljenog mornara koji je jedini kontaktirao s osuđenikom nakon što je ovaj završio u zatvoru. Istraga će odvesti tim NCIS-a do iznenađujućeg otkrića.
Napušten auto, registriran na ime nestale mornaričke poručnice, nađen je prepun krvi. Tim NCIS-a doznaje da je nestala poručnica izrađivala profile muškaraca pokušavajući pronaći savršenog muškarca za sebe. Kad otkriju da je poručnica namjeravala ići na seminar u lokalnom hotelu, Ziva kreće na tajni zadatak kako bi doznala više informacija. Ducky je zauzet pretraživanjem profila muškaraca. Jenny (Lauren Holly) iznese Tonyju (Michael Weatherly) tajnu ponudu.

4.sez., 4.-5.ep., 11. lipanj

Nakon što policija zaustavi vozača i uhiti ga zbog skrivenog oružja, u njihovo se patrolno vozilo zabije auto za čijim je volanom mrtvac. Ispostavi se da je uhićeni muškarac Rus i Ministarstvo domovinske sigurnosti tvrdi da je radio za njih. Rus je povezan sa starim slučajem na kojemu je radio Mike Franks. Mike se vraća iz mirovine da bi Rusa strpao iza rešetaka.
Kad nestalog razvodnika pronađu mrtvog u napuštenoj kući, tim NCIS-a otkriva da je bio zakopan u vrtu i zatim iskopan. Otkrivaju njegov identitet i doznaju da je trebao otići u Irak, no da se nije pojavio na dužnosti. Istraga ih vodi do novog traga – imao je dvije zaručnice. Abby (Pauley Perrette )analizira uzorke DNK dvije žene kako bi otkrila odgovara li koji uzorak onom nađenom u zemlji na truplu razvodnika.

4.sez., 6.-7.ep., 12. lipanj

Noć je vještica i tim NCIS-a zauzet je istraživanjem slučaja otmice. Marinčeva kći oteta je nakon što je otmičar napao marinca u njegovu domu. Istraga ih dovodi do činjenice da je par bio rastavljen. Doznavši da je supruga bila ta koja je razorila brak, odlučuju se usredotočiti na njezina bivšeg dečka. U međuvremenu, McGee i Tony (Michael Weatherly) zapanjeni su Abbynim kostimom za Noć vještica.
Kad mornarički brigadir pogine u eksploziji na vojnom igralištu za golf, tim NCIS-a mora uz pomoć vojne kriminalističke policije istražiti potencijalni teroristički napad. CIA im daje trag koji ih vodi u napušteno skladište, no ispostavi se da je to stupica – skladište će eksplodirati. McGee (Sean Murray), koristi svoje računalne vještine da bi pristupio tajnim vladinim dokumentima kako bi razotkrio terorističku ćeliju.

4.sez., 8.-9.ep., 13. lipanj

Kad marinca veterana s počastima pronađu mrtvog u hotelu, tim NCIS-a mora otkriti što mu se dogodilo. Uskoro shvaćaju da marinac nije počinio samoubojstvo i da je bio beskućnik. Prilikom pregledavanja njegovih stvari nalaze kompromitirajuće dokaze protiv njega, a Gibbs (Mark Harmon) odluči dokazati njegovu nedužnost.
McGee krši pravila, riskirajući posao u NCIS-u, kako bi pomogao sestri Sarah, koja se pojavila dezorijentirana i okrvavljena. Dok on pokušava otkriti što se dogodilo njegovoj sestri, tim NCIS-a istražuje slučaj mornara koji je nekako povezan s McGeejevom sestrom. Tony i Abby (Pauley Perrette ) zauzeti su ljubavnim problemima, a ispostavi se da McGee krije još jednu tajnu.