5.sez., 6.-7.ep., 30. lipanj

Gibbs (Mark Harmon) i njegov tim na tajnom istraživačkom brodu na moru istražuju misterioznu smrt. Otkrivaju da je brod napušten i da krije tajnu koja bi ih mogla stajati života.
Istraga o davnom ubojstvu kćerine prijateljice završava šokantnim rezultatom i osobno utječe na Gibbsa (Mark Harmon). Kad Gibbs pristane pomoći u istrazi petnaest godina starog ubojstva kćerine prijateljice, nađe se u središtu emocionalnog putovanja u prošlost koje vodi do šokantnog i zapanjujućeg završetka.

5.sez., 8.-9.ep., 1. srpanj

Istraga o ubojstvu mornaričkog admirala dobiva šokantan preokret kad se jedna žena, politička izbjeglica, vrati kući u potrazi za mužem, političkim izbjeglicom iz Afrike.
Tim NCIS-a čuva 9-ogodišnjega sina nestaloga čovjeka, ljubitelja divljine i preživljavanja povezanog s neriješenim slučajem ubojstva. Istraga vodi tim u divljinu, gdje otkrivaju šokantnu istinu o prošlosti toga čovjeka.

5.sez., 10.-11.ep., 2. srpanj

Tragajući za pomahnitalim i nasilnim marincem, koji još misli da je u Iraku, tim NCIS-a otkriva da je on bio predmetom tajnoga pokusa, što će ih skupo stajati.
U gostujućoj ulozi glumi Shaun Toub.
Nakon ubojstva mladog marinca muslimana u blizini džamije, Ducky (David McCallum) zbog svojih vjerskih uvjerenja odbija obaviti obdukciju. Tim NCIS-a pokušava razgovarati s ocem žrtve te šalje McGeeja (Sean Murray) da postavi prislušni uređaj u džamiji. No otkriju da FBI već prisluškuje džamiju.

5.sez., 12.-13.ep., 3. srpanj

Članovi tima NCIS-a nadziru skladište kako bi ulovili lopova mornaričkih radara visoke tehnologije, ali slučajno postanu svjedocima ubojstva. Ducky (David McCallum) ima tajnu, za koju ostatak tima ne zna.
Kad je vlasnik psa nađen mrtav, tim NCIS-a mora otkriti je li ga ubio pas. Abby (Pauley Perrette) se odlučuje boriti za život psa uvjerena da je nedužan. Gibbs (Mark Harmon) saznaje Jennynu (Scottie Thompson) tajnu.

5.sez., 14.-15.ep., 4. srpanj

Pojavljuje se La Grenouilleovo (Armand Assante) truplo i cijeli je NCIS pod istragom FBI-a. Za njegovo ubojstvo osumnjičena je Jenny (Scottie Thompson).
Kad se minobacački napad pretvori u istragu ubojstva, dva člana tima NCIS-a odlaze u Bagdad. Rocky Carroll (“Invazija“) vraća se kao novi zamjenik načelnika NCIS-a.