4.sez., 20.-21.ep. - 23. lipnja

McGee (Sean Murray) je pod velikim pritiskom tijekom istrage ubojstva narednika. Upravo po tom naredniku utemeljio je lik iz svoje najnovije knjige, a informacija je o ubojstvu je jako malo. On i njegov tim sada moraju istražiti tko je ubio narednika.
Direktorica Shepard (Lauren Holly) počini veliku pogrešku pristavši se sama naći s čovjekom koji joj može dati informacije o La Grenouilleu (Armand Assante), jer se njihov sastanak pretvara u ubojstvo doušnika. Sada tim NCIS-a mora prikupiti sve postojeće informacije i pokušati napokon uhvatiti neprijatelja.

4.sez., 22.-23.ep. - 24. lipnja

Kad slijepi fotograf slika truplo ubijenog skupnika, tim NCIS-a u istrazi zločina koristi se njegovim posebnim čulom. U međuvremenu, i Gibbs (Mark Harmon) i Tony imaju problema s obvezivanjem u svojim vezama.
Kad Jenny (Lauren Holly) odlazi na konferenciju u inozemstvo, Gibbs (Mark Harmon) postaje vršitelj dužnosti direktora, no njemu je draže ignorirati obaveze i voditi istragu ubojstva čovjeka koji je pronađen mrtav u taksiju koji je vozio prema središtu NCIS-a.

4.sez., 24.ep., 5.sez., 1.ep. - 25. lipnja

Kad se Jenny (Lauren Holly) vrati iz Europe, cijeli tim bit će primoran proći poligrafski test Ministarstva domovinske sigurnosti, pri čemu će se otkriti najskrivenije tajne svih agenata. Uz to, nenaoružane Tonyja (Michael Weatherly) i Jeanne nemilosrdan diler drži kao taoce.
Konačni obračun tima NCIS-a i prepredenog trgovca oružjem završava eksplozivno i smrtonosno. U lovu na La Grenouillea (Armand Assante) tim NCIS-a otkriva veliku tajnu.

5.sez., 2.-3.ep. - 26. lipnja

Obdukcijom Ducky (David McCallum) dolazi do iznenađujućeg otkrića koje vodi do potrage za nestalim djetetom. U međuvremenu Tony (Michael Weatherly ) se muči s osjećajima koje gaji prema Jeanne (Scottie Thompson).
Gibbs (Mark Harmon) i potpukovnik Mann (Susanna Thompson) udružuju snage u istrazi ubojstva satnika marinca koji je imao pristup strogo povjerljivim podacima. Stvari se zakompliciraju kad Gibbs otkrije da je svjedokinja u slučaju njegova bivša žena.

5.sez., 4.-5.ep. - 27. lipnja

Ducky (David McCallum) otkrije da je truplo koje se koristi za istraživanje, žrtva ubojstva. Tim NCIS-a identificira ga kao zločinačkog genijalca sposobnog da izbriše svoju prošlost. Gibbs (Mark Harmon) i njegov tim otkrivaju da je pogreškom označeno truplo kao N. 'Netko', zapravo okorjeli kriminalac povezan sa zločinačkim mozgom vještim u brisanju neugodne prošlosti.
Tim NCIS-a pozvan je da mahnitog mornaričkog časnika odgovori od skoka s krova, ali ono što se u početku činilo pokušajem samoubojstva, pretvori se u istragu o ubojstvu. Tim NCIS-a pozvan je da spriječi samoubojstvo mornaričkog časnika, ali kad samoubojstvo preraste u ubojstvo, morat će otkriti počinitelja.