3.sez., 14.-15.ep. - 2. lipnja

Tim NCIS-a istražuje umorstva dviju supruga marinaca, i mora naći ubojicu prije nego on napadne sljedeću metu, treću ženu.

Prilikom otkrivanja ilegalne radionice za rastavljanje ukradenih automobila, tim NCIS-a nalazi odrezanu glavu marinca, skrivenu u jednom od automobila iz radionice. Kada nađu moguće sumnjivce, tim mora pronaći ostatak trupla i otkriti ubojicu.

3.sez., 16.-17.ep. - 3. lipnja

Kada vozilo Hitne pomoći koje prevozi trupla marinca stradalog u automobilskoj nesreći eksplodira u vožnji, tim NCIS-a pozvan je da istraži što se zapravo dogodilo. Istraga ih dovodi do iznenađujućih otkrića – DNK žrtve pronađene u vozilu Hitne pomoći ne odgovara marinčevoj DNK, eksplozija u vozilu Hitne pomoći je podmetnuta, a obitelj pokojnog marinca krije vrlo važnu tajnu.
Kad skupina tinejdžera u nacionalnom parku pronađe mornaričke identifikacijske pločice, tim NCIS-a pozvan je da to istraži. Dok traže mjesto gdje je marinac kampirao, tim doznaje da je s njim bila još jedna osoba, vjerojatno žena. Istraga ih dovodi do još većeg otkrića – nacionalnim parkom možda hara serijski ubojica čija su meta žene.

3.sez., 18.-19.ep. - 4. lipnja

Tim NCIS-a mora spriječiti tinejdžera koji drži polaznike srednje škole u mornaričkoj bazi u Quanticu kao taoce da detonira bombu pričvršćenu za njegovo tijelo. Gibbs (Mark Harmon) ulazi u učionicu i pokušava ga spriječiti, samo da bi shvatio da tinejdžera možda kontrolira netko izvana. U međuvremenu, dok je Gibbs u učionici, Tony (Michael Weatherly) ga zamjenjuje.
Kada skupina djece slučajno otkrije truplo nestalog marinca u smrznutome jezeru, Gibbs (Mark Harmon) i njegov tim pozvani su da to istraže. Pretražujući dno smrznutoga jezera u potrazi za tragovima, tim NCIS-a nalazi još tri izrešetana trupla. Tijekom obdukcije, Ducky (David McCallum) i Gibbs (Mark Harmon) otkrivaju da tri nove žrtve imaju tetovaže koje označavaju pripadnost bandi. Otkrivši ovu važnu informaciju, tim pokušava otkriti marinčevu vezu sa smrtonosnom uličnom bandom.

3.sez., 20.-21.ep. - 5. lipnja

Kada šifranticu Pentagona pronađu mrtvu, tim NCIS-a mora otkriti je li žrtva bila krtica u Pentagonu i je li počinila samoubojstvo. Tijekom istrage, tim otkriva da žrtva nije bila sama kad je umrla, stoga zasigurno nije počinila samoubojstvo. Sada tim mora pronaći krticu, ubojicu kriptografkinje.
Dok s ostatkom tima NCIS-a radi na slučaju ubojstva, Abby gotovo pogine od dokaza iz slučaja i uskoro postaje jasno da je ubojstvo namješteno i da netko želi Abby smrt. Tim otkriva neke neprijatelje iz Abbyne prošlosti i moraju razotkriti napadača prije nego on ubije Abby.

3.sez., 22.-23.ep. - 6. lipnja

Tim NCIS-a mora zaštiti Zivu (Cote de Pablo) kad sumnjivac umre u pritvoru a njezina je taktika moguć uzrok njegove smrti. Situacija postaje mnogo opasnija kad brat sumnjivca otme Jenny (Lauren Holly) i zahtijeva puštanje svojeg brata u zamjenu za nju, a ne zna da mu je brat mrtav.
Dok istražuje, Gibbs (Mark Harmon) u eksploziji zadobiva ozbiljne ozljede i odvoze ga u bolnicu, gdje se prisjeća svoje bolne prošlosti koju je uvijek skrivao od ostalih. Ostatak tima mora nastaviti s istragom i ostaviti svoje osjećaje prema Gibbsovoj ozljedi postrance. Tony (Michael Weatherly) sada zamjenjuje Gibbsa, što bi moglo uzrokovati nevolje.