2.sez., 17.-18.ep., 19. svibanj

Kad mornarički časnik dobiva par plavih ljudskih očiju, tim NCIS-a započinje istragu. Gibbs (Mark Harmon) dolazi na trag bivšeg mornaričkog agenta koji se bavi protuzakonitim poslovima.
Niža časnica koja se tek vratila na posao pronađena je mrtva iza scene na bikini-natjecanju. Tim Navy CIS otkriva kako je moguće da je imala vrebatelja.

2.sez., 19.-20.ep., 20. svibanj

Nakon što časnica počini samoubojstvo, tim mora istražiti njezin slučaj. Dok svi smatraju da je povod samoubojstva živčani slom, Ducky (David McCallum) vjeruje da je zapravo ubijena. Specijalni agent FBI-a T. C. Fornell (Joe Spano) pomaže timu u istrazi, a po tragovima otkrivaju da je bila u ljubavnom trokutu.
Nakon što je marinac ubijen u mornaričkom kompleksu tim otkriva mogućeg sumnjivca, no uskoro se vraćaju na početak kada i sumnjivac bude ubijen. Abby (Pauley Perette) i Tim (Sean Murray) u žrtvinoj e-pošti otkrivaju tragove koji vode do "crvene ćelije" i tim vjeruje da je marinac možda bio upetljan u opasnu igru.

2.sez., 21.-22.ep., 21. svibanj

Mladi marinac ubijen je u Iraku, no dotični je bio pod policijskom istragom zbog ubojstva mlade djevojke u svojemu rodnom gradu. Pri pretraživanju njegove osobne imovine nalaze tijelo te djevojke. Lokalna policija vjeruje da je marinac ubojica, no Gibbs vjeruje da je nedužan i to će pokušati dokazati uz pomoć Faith Coleman (Alicia Coppola).
Kad Tony otvori tajnovito pismo, misleći da je upućeno njemu, iz njega izlazi oblačić bijelog praška koji možda sadrži smrtonosni virus. Kate poziva pomoć i uskoro se ona i Tony iz predostrožnosti nađu u izolaciji. McGee i Gibbs pokušavaju otkriti tko je poslao omotnicu i kako izliječiti svoje prijatelje prije nego bude prekasno. U međuvremenu, Tonyjevo zdravlje se pogoršava...

2.sez.,23.ep., 3.sez., 1.ep., 22. svibanj

Skupina terorista traži osvetu i daje Ariju (Rudolf Martin) zadatak da ubije Gibbsa. Tim NCIS-a kreće u lov na njega, no kad otkriju da Ari ima drugi plan, već je prekasno… Tim NCIS-a morat će se suočiti sa smrću jednoga od svojih članova...
Nakon terorističkog napada, agenti NCIS-a su u šoku i pokušavaju se nositi s Kateinom smrću, svatko na svoj način. Njihova je misija sada prikupiti sve moguće informacije o Ariju (Rudolf Martin) i pronaći način da ga zaustave prije nego ubije još nekoga. U međuvremenu, uz osjećaj krivnje za Kateinu smrt, Gibbs (Mark Harmon) doznaje da direktor NCIS-a odlazi, a zamijenit će ga Jenny Shepard (Lauren Holly), žena uz koju Gibbsa vežu romantične uspomene.

3.sez., 2.-3.ep., 23. svibanj

Još uvijek šokiranog Kateinom smrću, Gibbsa (Mark Harmon) čeka još jači udarac kad Ari (Rudolf Martin) otme Duckyja (David McCallum) i odluči se poigrati njegovim umom. Nakon što Jenny (Lauren Holly) i Gibbs gotovo stradaju od hitaca, Gibbs je još odlučniji jednom i zauvijek završiti s Arijem, a Zivina čudna veza s Arijem bit će upravo ono što mu je potrebno.
Gibbs (Mark Harmon) mora ispitati zatvorenika osuđenog na smrt kako bi otkrio gdje je ovaj skrivao svoje žrtve, no kad taj plan ne uspije, tim mora riješiti slučaj na svoj način.