U trećoj sezoni nitko nije siguran, a dobro ulazi u najveću bitku sa zlom.

3.sezona, 12.epizoda - 3. siječanj
U gostujućoj ulozi pojavljuje se Seth Green.
Pomrčina se nastavlja i utječe na sposobnosti Heroja dok se Elle (Kristen Bell) i Sylar (Zachary Quinto) bore protiv osvetoljubivog H.R.G.-ja (Jack Coleman), a Claire se (Hayden Panettiere) bori za život. Na Haitiju se Peter (Milo Ventimiglia) i Nathan (Adrian Pasdar) udružuju s Haićaninom (Jimmy Jean-Louis) u borbi protiv njegova brata, Barona Samedija (Demetrius Grosse), a Nathan donosi šokantnu odluku. U međuvremenu, Ando (James Kyson Lee), Sam (Seth Green) i Frack (Breckin Meyer) pomažu Hirou (Masi Oka) da vrati sjećanje uz pomoć stripa '9th Wonders' u lokalnoj prodavaonici stripova.

3.sezona, 13.epizoda - 4. siječanj
U nadi da će zaustaviti Arthura (Robert Forster), Hiro (Masi Oka) i Claire (Hayden Panettiere) udružuju se i putuju 16 godina unatrag kada je Kaito (George Takei) dao malu Claire H.R.G.-ju (Jack Coleman). U međuvremenu, Peter (Milo Ventimiglia) i Haićanin (Jimmy Jean-Louis) udružuju se da zauvijek srede Arthura Petrellija, ali ometa ih Sylar (Zachary Quinto). Na drugome mjestu, u laboratoriju, Suresh (Sendhil Ramamurthy) postiže veliko dostignuće s formulom koja će vjerojatno sve promijeniti.