6.sez., 7.-8.ep. -14. srpnja

Duhovi iz prošlosti napadaju Gibbsa (Mark Harmon) dok tim istražuje smrtonosnu pljačku banke. Gibbs preispituje vlastitu prosudbu kada mu Vance (Rocky Carroll) dodjeljuje pripravnika koji će pomagati njegovu timu u istrazi smrtonosne pljačke banke.
Tajna igra rata dovodi do velikih posljedica za jednog člana tima. Šokantno otkriće izlazi na svjetlo dana nakon što je tim prisiljen igrati opasnu igru.

6.sez., 9.-10.ep. - 15. srpnja

U gostujućoj ulozi pojavljuje se David Eigenberg.
Nakon zapanjujućeg otkrića, tim mora vjerovati ne baš povjerljivim izvorima kako bi zaštitili tajni vladin dosje. Gibbs (Mark Harmon) se mora osloniti na informacije upitnih osoba kako bi uspio zaustavili zločinca koji namjerava ukrasti povjerljive vladine tajne.
U gostujućim ulogama pojavljuju se Antonio Sabato Jr. i Tracy Scoggins.,
Tim otkrije razne tajne časnika koji je stradao u prometnoj nesreći. Nakon njegove smrti tim otkriva da je časnik vodio nasilan tajni život, a istraga ih odvede u nasilan podzemni svijet uličnih borbi.

6.sez., 11.-12.ep. - 16. srpnja

U gostujućoj ulozi pojavljuje se Peter Coyote.
Radeći na slučaju tijekom Božića, tim se susretne s neobičnom situacijom. Naime otkriju da je glavni osumnjičeni u slučaju mrtva već skoro sedamnaest godina. Tijekom slučaja tima počne dolaziti do zapanjujućih osobnih otkrića.
Robert Wisdom glumi u ulozi upravitelja Gene Halseyja.
McGee (Sean Murray) se nađe u ženskom zatvoru nakon što ubojstvo čuvara dovodi do zauzimanja zatvora. Tim je tada prisiljen otkriti istinu o ubojstvu čuvara kako bi oslobodio McGeea.

6.sez., 13.-14.ep. - 17. srpnja

David Dayan Fisher gostujue u ulozi Trenta Korta, Torri Higginson gostuje u ulozi dr. Jordan Hampton.
Nakon što je Ducky (David McCallum) izboden na poprištu zločina, tim razotkriva uznemirujuće tajne. Tajne iz Duckyjeve zatajene prošlosti izbijaju na površinu te unesu šok i nevjericu u tim.
Chris Carmack gostuje u ulozi Kevina Nelsona.
Privatni život ubijenog desetnika je pod povećalom, jer tim mora utvrditi da li je sumnja na čin veleizdaje dovela do njegove smrti.

6.sez., 15.-16.ep. - 18. srpnja

Muse Watson gostuje u ulozi Gibbsova mentora Mikea Franksa.
Gibbs (Mark Harmon) se mora suočiti s demonima iz vlastite prošlosti kada na poprištu zločina otkriva šifriranu poruku. Tim dođe i do otkrića u slučaju ubijenog marinca koji je bio upleten u rat gradskih bandi.
Kada stari slučaj počne proganjati Tonyja DiNozza (Michael Weatherly), Gibbs (Mark Harmon) mu odluči pomoći. Naime nakon što ubojstvo dovodi do ponovnog otvaranja stare istrage Gibbs zamijeni ulogu s DiNozzijem.