3.sez, 11. i 12.ep - 13. svibnja

Nikitin (Peta Wilson) stari poznanik zna gdje je njezina majka. Nikita zamoli Michaela (Roy Dupuis) za pomoć te otkriva da joj je majka (Margot Kidder) unajmila privatnog istražitelja jer ne vjeruje da je Nikita mrtva. Operativni (Eugene Robert Glazer) poštedi Walteru život nakon što on slučajno otkrije da je povezan s Odjelom 1. Teroristički dvojac, brat i sestra, otmu Nikitu (Peta Wilson) i operativce Marka (Trent McMullen) i Angelu (Karen Glave). Mark se za vrijeme mučenja slomi i otkrije tajno skrovište Odjela. Nakon spašavanja, Nikita i Mark pokušaju lagati Odjelu te sami uništiti brata i sestru. Plan im ne uspije. Mark optuži Nikitu da je odala informaciju i ona mora na suđenje.

3.sez, 13. i 14.ep - 14. svibnja

Kada umjesto njega operativac Zalman (Jamie Harris) dobije promaknuće, Michael (Roy Dupuis) bježi s Nikitom (Peta Wilson) iz Odjela. Operativci uhvate Michaela koji im odbije otkriti gdje je Nikita sve dok mu Zalman ne pokaže snimku sina Adama.
Kako bi Odjel uhvatio industrijalca koji financira teroriste, Nikita (Peta Wilson) ulazi u opasan krug preprodavača ljudi. Nakon Reneeine (Brioni Farrell) veze s Operativnim (Eugene Robert Glazer), Madeline (Alberta Watson) je otpusti i ona joj se namjerava osvetiti.

3.sez, 15. i 16.ep - 15. svibnja

Nakon što je uhvaćena teroristkinja izvršila samoubojstvo, Odjel 1 dovodi Sarah Gerard, njezinu nevinu, ali teško bolesnu dvojnicu, koja će morati otkriti gdje se nalazi terorističko skrovište. Madeline (Alberta Watson) laže da ima lijek za njezinu bolest. U namjeri da se ubije, Sarah postavi bombu u terorističko skrovište, no Nikita (Peta Wilson) riskira vlastiti život kako bi je spasila.
Teroristička skupina Staklena zavjesa otkriva lokaciju Odjela pa Operativni (Eugene Robert Glazer) evakuira osoblje. Odjel se seli u novo skrovište u novom gradu.

3.sez, 17. i 18.ep - 16. svibnja

Kada situacija na Balkanu počinje biti sve napetija, Operativni ostavlja Odjel u ruke Michaela (Roy Dupuis). Operativni ostavlja Michael upozorenje, u kojem Georgeu (David Hemblen) mora napraviti kampanju protiv terorističkog financijera Luigia Bergomia. Michaleu odbija to, jer smatra da je teroristički financijer previše moćan. Vjerujući da Michaelov (Roy Dupuis) i Nikitin (Peta Wilson) odnos negativno utječe na Michaelov rad i ugrožava rad Odjela, Operativni i Madeline pokušaju iz razdvojiti. Walter i Birkoff se posvađaju zbog lijepe žene.

3.sez, 19. i 20.ep - 17. svibnja

Greg Hillinger (Kris Lemche) sabotira Birkoffovo računalo kako bi Birkoff (Matthew Ferguson) ispao nesposoban. Operativni (Eugene Robert Glazer) mu nakon incidenta dodijeli drugi zadatak: Birkoff mora ući u malu terorističku organizaciju koju predvodi Jean-Marc Rousseau (Andrew Gillies). Hoće li izdati Odjel 1? Hillinger (Kris Lemche) pokušava ubiti Birkoffa (Matthew Ferguson) na zadatku. Birkoff ne otkriva Madeline (Alberta Watson) da je Hillinger odgovoran što zadatak nije uspio, no istinu ipak prizna Operativnom (Eugene Robert Glazer). Hillinger pogine u eksploziji. George (David Hemblen) obeća Madeline da će zamijeniti Operativnog i da će ona voditi Odjel 1.