2.sez., 1.ep. - 1. rujna

U prvoj epizodi druge sezone Nikita i Michael smišljaju kako uništiti Odjel i Nadzor, a da to učine spremni su iskoristiti sadržaj crne kutije. Odjel sada vodi Amanda, no Nadzor je poslao jednoga od svojih, novog agenta po imenu Sean (u gostujućoj ulozi DILLON CASEY – Vampirski dnevnici)da je drži na oku. Amandina prva misija je oduzimanje crne kutije Nikiti. Za pomoć se obraća se Alex. Alex isprva odbija, no Amanda joj obećava pomoć u traganju za ubojicom njezina oca. U međuvremenu, Nikita i Michael dobivaju pomoć od neočekivanog saveznika.

2.sez., 2.ep. - 2. rujna

Istražujući P9, stari korumpirani program Odjela koji se opet pojavio, Nikita i Michael nalijeću na Owena (u gostujućoj ulozi DEVON SAWA – Posljednje odredište), koji traži dr. Josepha Marsa (u gostujućoj ulozi JOHN RALSTON – Život s Derekom), glavnog znanstvenika programa P9 i tvorca Režima. Owen vjeruje da mu može pomoći da se skine s te opasne droge. Michael nema povjerenja u Owena, no Nikita odlučuje da trebaju udružiti snage. U međuvremenu, Percy zahtijeva da vidi Alex.

2.sez., 3.ep. - 3. rujna

Birkoff govori Nikiti i Michaelu da prema informacijama u crnoj kutiji međunarodni terorist po imenu Ramon (u gostujućoj ulozi SIMON KASSIANIDES – Zrno utjehe), odgovoran za nekoliko ozbiljnih političkih atentata, sada radi za Odjel. Nikitu ta vijest uzrujava jer je upravo ona prije nekoliko godina uhvatila Ramona i predala ga Percyju. Amanda uvjerava Alex da ubije Antona Kočenka (u gostujućoj ulozi PAUL BRAUNSTEIN), čovjeka koji je nekad radio za njezina oca, a ubojstvo namjerava prišiti Ramonu. No kad joj Nikita pokvari plan, Amanda se osvećuje tako što Nikiti oduzima ono najdraže.